Główną przyczyną atopowego zapalenia skóry są alergeny pokarmowe. Leczenie polega wówczas na wykluczeniu z diety tego produktu, który wywołuje wysypkę. W przypadku niemowląt najczęstszym winowajcą jest krowie mleko. Właśnie dlatego dziecku karmionemu sztucznie lekarz zaleci zmianę mieszanki na taką, w której białka mleka są rozbite na drobne, niealergizujące cząsteczki, lub na taką, która zawiera hydrolizaty białek serwatkowych lub kazeiny, np. Nutramigen albo Bebilon Pepti. Maluchowi karmionemu piersią pomoże natomiast zmiana diety mamy. Powinna ona całkowicie wyeliminować z jadłospisu mleko i jego przetwory. Po odstawieniu mleka należy obserwować malucha. Jeśli po upływie tygodnia nie nastąpi poprawa, trzeba odstawiać jeszcze inne potencjalne alergeny. Uczulać mogą także jajka, cytrusy, ryby, mięso cielęce, wołowe oraz czekolada. Objawy skórne nie zawsze wiążą się tylko z alergią pokarmową. Przyczyną atopowego zapalenia skóry może być także kontakt z alergenami wziewnymi np. roztoczami kurzu domowego lub sierścią zwierząt. Wysypkę mogą też powodować alergeny kontaktowe, np. wełna albo związki chemiczne znajdujące się w kosmetykach i proszkach do prania. Najbardziej skutecznym sposobem leczenia atopowego zapalenia skóry jest unikanie kontaktu z wywołującym wysypkę alergenem.